Инженерный институт был образован в 2018 году путём слияния института строительства и электроэнергетики и инженерно-технологического института.

Каждый из институтов имеет свою многолетнюю историю:

Механико-технологический факультет – один из старейших факультетов академии, стоявший у истоков ее формирования, был образован в 1974г. Первым деканом факультета был к.т.н., доцент Штепин Николай Алексеевич. В течение длительного времени факультет возглавлял д.т.н., профессор Эркенов Ахмат Чокаевич (депутат Государственной Думы РФ V и VI созывов). Руководил факультетом также лауреат Минвуза СССР, почетный работник высшего профессионального образования РФ, д.т.н., профессор Боташев Анвар Юсуфович.
В 2010 г. факультет был преобразован в инженерно-технологический институт. Директором института являлся Шайлиев Рустам Шарунович, к.т.н., доцент, профессор Российской Академии Естествознания.

Институт Строительства и электроэнергетики был правопреемником  созданного в 1974 году Механо-энергостроительного факультета филиала  Ставропольского политехнического института в г. Черкесске, деканом  которого являлась к.т.н., доцент Романовская Нина Ивановна.

В 1982  году из состава выделили отдельный Энергостроительный факультет,  деканами которого поочередно были Кузнецов Владимир Георгиевич,  в 1991 г. к.т.н., доцент Лафишев Анвар Заудинович, с 2002 года к.т.н., доцент  Кятов Нурби Хусинович. 

В 2009 г. факультет реорганизован в Институт Строительства и электроэнергетики.

С 2016 г. по 2018г. институтом руководил к.т.н., доцент Кидакоев Альберт Мухадинович.

Сегодня Инженерный институт является одним из крупных  структурных подразделений Северо-Кавказской государственной академии.  Это институт с гибкой, многоуровневой системой подготовки квалифицированных специалистов. На данный момент контингент обучающихся Инженерного института составляет около 1000 человек  по  очной и заочной формам обучения. 

Достаточно большое внимание уделяется организации досуга и отдыха студентов. Они участвуют в различных спортивных мероприятиях, волонтерских движениях, благотворительной деятельности, КВН, активно занимаются творчеством, где неоднократно становились победителями и занимали высокие призовые  места. Помимо этого, студенты нашего института ежегодно, в период зимних и летних каникул, направляются, в качестве поощрения,  на базы отдыха  академии «Нарат»  в п. Архыз и «Холодок» в п. Якорная щель (на побережье  Черного моря).