Становление института Прикладной математики и информационных технологий началось с открытия специальности 010200 «Прикладная математика» в 1996 году в составе факультета Бизнеса и права Карачаево-Черкесского государственного технологического института. Открытие этой специальности было продиктовано быстро развивающимися информационными технологиями и потребностью региона в квалифицированных специалистах, умеющих:
В 2002 году был образован факультет прикладной математики и информатики, который возглавил к.ф.-м.н., доцент Темирбулатов Пилял Исхакович. В 2010 году факультет был реорганизован в институт Прикладной математики и информационных технологий.
Идея открытия специальности 230401.65 Прикладная математика и ее претворение в жизнь связана с именами доцента Хубиева Радмира Нюрчуковича, докторов ф.-м.н. Перепелица В.А., Боташева А.-А.И., Кочкарова А.М.
В 2006 году был произведен первый набор на вновь открывшуюся специальность 080801.65 Прикладная информатика в экономике (юриспруденции). Возглавлял данное направление профессор Магометов Али Азаматович.
В феврале 2010 года в состав института Прикладной математики и информационных технологий была включена специальность 230105.65 Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем имеющая и сокращенную форму для выпускников колледжа.
С 2011 года институт ведет подготовку кадров по программам бакалавриата.
В 2014 году институт возглавил д.ф.-м.н., профессор Эдиев Далхат Мурадинович.
С 2015 года обучение ведется по новым стандартам направлений подготовки:
В этом же году была открыта магистерская программа 09.04.03 Прикладная информатика в экономике и управлении, которую возглавил д.э.н., профессор Тамбиева Джаннет Алиевна.
В 2016 году институт возглавил к.ф.-м.н., доцент Хапаева Лёля Халисовна.
С 2020 года Институт прикладной математики информационных технологий возглавляет Тебуев Джамал Билялович.
Всего подготовлено и выпущено свыше 1000 выпускников, из них более трети получили дипломы с отличием!